Aux commandes de votre vaisseau de combat spatial, vous devez affronter les cyborgs et libérer votre système planétaire composé de 5 planètes de 10 niveaux de jeu chacune. Au début, une seule planète est accessible et chaque fois que vous en libérer une, la suivante se débloque.
Chaque planète a été envahie par une espèce particulière de cyborgs, commandée par un chef unique et puissant sur chaque niveau.

Lorsque vous détruisez les ravitailleurs ennemis, vous obtenez des armes spéciales qui vous apporteront une aide précieuse dans le combat :

• Le sablier ralentit pendant quelques secondes la vitesse des vaisseaux ennemis, vous laissant la possibilité de viser et de les abattre plus facilement.
• Les missiles à têtes chercheuse se révèle être une arme indispensable à votre survie car ils détruisent automatiquement tous les missiles que les cyborgs vous envoient.
• Le bouclier protége votre vaisseau des missiles ennemis.

Pourquoi cet intérêt soudain pour les mouches vous demandez-vous ? L’explication coule de source : toujours désireux de mieux comprendre le monde qui les entoure, les aliens se demandent en effet comment des insectes pourvus de si peu de matière grise peuvent-ils réussir à penser et à réfléchir ? La question est fondamentale, nous sommes d’accord. Ils tentèrent tant bien que mal de comprendre, en greffant notamment un cerveau de mouche à l’un des leur, mais pour une raison inconnue, l’expérience échoua.

A présent, toutes les mouches sont prisonnières sur 5 planètes différentes (qui sont autant de mondes graphiquement très riches)…Mais heureusement, l’espoir renaît avec John et Hans qui retrouvent et se lient d’amitié avec l’extra-terrestre malheureux au cerveau de mouche. Capables de prendre le contrôle de cette machine à tuer qu’ils rebaptisent Flyonoid, nos 2 mouches entreprennent de libérer leurs compatriotes.